迷你西游的副本系統(tǒng)包含多種特殊機(jī)制，其中蕩妖副本是獲取功德值的重要途徑。該副本分為普通和精英兩種模式，通關(guān)東海灣后解鎖，玩家每天可免費(fèi)開啟一次，后續(xù)需消耗30元寶。副本界面采用拼圖式設(shè)計(jì)，需逐步點(diǎn)亮方格探索，部分方格標(biāo)記骷髏頭像代表BOSS戰(zhàn)。完成整個(gè)妖窟探索后，背景會(huì)形成完整畫面，同時(shí)獲得功德值用于功德殿兌換資源。這種探索機(jī)制結(jié)合了隨機(jī)性與策略性，要求玩家合理規(guī)劃探索路線。

五行塔副本采用分層挑戰(zhàn)模式，共五層結(jié)構(gòu)，每層怪物難度遞增。玩家需逐層攻克，高層副本會(huì)掉落更優(yōu)質(zhì)的裝備與道具。光明頂副本則聚焦BOSS戰(zhàn)設(shè)計(jì)，擊敗特定BOSS可直接獲取極品裝備，但BOSS擁有獨(dú)特的技能組合，需針對性調(diào)整陣容。九幽閻羅副本引入了機(jī)關(guān)陷阱元素，玩家需在戰(zhàn)斗同時(shí)規(guī)避地圖上的九幽地獄機(jī)關(guān)，逃脫后才能領(lǐng)取獎(jiǎng)勵(lì)。這類副本對走位與時(shí)機(jī)把握有較高要求。

特殊副本如天機(jī)閣和龍脈神殿強(qiáng)調(diào)解謎玩法。天機(jī)閣需要破解機(jī)關(guān)并解答謎題才能獲取寶藏，謎題內(nèi)容涉及游戲內(nèi)數(shù)值計(jì)算或劇情線索。龍脈神殿則設(shè)置宮殿守衛(wèi)系統(tǒng)，玩家必須擊敗特定守衛(wèi)才能開啟寶箱，守衛(wèi)擁有屬性相克機(jī)制。寒冰洞與不死魔窟采用環(huán)境特效，前者附加冰凍狀態(tài)影響出手順序，后者會(huì)周期性召喚邪惡生物增援，考驗(yàn)隊(duì)伍的持續(xù)作戰(zhàn)能力。

試煉副本設(shè)有星級挑戰(zhàn)機(jī)制，普通副本通過后可通過達(dá)成額外條件獲取更高星級。精英副本每日限制挑戰(zhàn)次數(shù)，重置需消耗道具。秘境探險(xiǎn)作為資源型副本，消耗尋寶券進(jìn)行，產(chǎn)出金鑰匙、英雄碎片等稀有道具，但怪物強(qiáng)度與體力消耗成正比。魔王山副本強(qiáng)制要求組隊(duì)協(xié)作，需匹配不同職業(yè)玩家對抗特殊機(jī)制的魔王，勝利后可獲得限定稱號。

時(shí)空裂隙和仙魔之戰(zhàn)屬于高難度副本，前者采用動(dòng)態(tài)難度系統(tǒng)，根據(jù)玩家戰(zhàn)力自動(dòng)調(diào)整怪物屬性；后者融合PVE與PVP機(jī)制，需在對抗NPC同時(shí)防范其他玩家干擾。活動(dòng)副本如節(jié)日限定本會(huì)掉落特殊時(shí)裝和稱號，但存在開放時(shí)間限制。所有副本均遵循屬性克制規(guī)則，部分副本會(huì)禁用特定種族的護(hù)法，需提前調(diào)整陣容策略。